Paflikyan öğretisinin temel görüsü, maddi dünyayı yaratan ve yöneten Tanrı ile tapılması gereken, ruhları yaratan göklerin Tanrısı arasındaki ayrımdır. Paflikyanlara göre tüm maddi varlıklar kötüdür. Bu yaklaşım Paflikyanların, Manicilikten etkilenen akımlardan biri olarak kabul edilmeleri gerektiğini ortaya koyar. Ancak, Paflikyan öğretisinde güçlü bir "Marcionist " etki de vardır. Eski Ahit ´i kabul etmezler, İsa ´nın yeniden doğacağına inanmazlar; Paflikyanlara göre İsa Tanrı ´nın dünyaya gönderdiği bir melektir ve gerçek annesi göklerdeki Kudüs ´tür; İsa ´nın tüm eseri yaydığı öğretisidir; İsa ´ya inanmak insani son yargıdan kurtarır; gerçek vaftiz İsa ´nın sözlerini duymakla olur. Paflikyanlar haça değer vermezler, yalnızca İncil ´in bir kısmına inanırlar; İsa ´yı reddettiği için Aziz Petrus ´un mektuplarını dikkate almazlar; yalnızca Luka İncili ve Pavlus ´un mektuplarına değer verirler. Tüm resim ve heykellere karşıdırlar. Maddi dünyaya ait her şeyin sadece simgesel bir değeri vardır. Bu bakımdan, Paflikyanlar Kiliseyi de, Kilisenin geleneklerini, dogmalarını, kurumlarını, ruhban sınıfını da reddedişlerdi. Onlara göre, herkes kutsal metinleri okuyup yorumlama hakkına sahiptir. Paflikyanlar kendilerini kabul ettirmek için çok şiddetli bir misyoner etkinliği göstermişlerdi. Ayrıca korku duyulan savaşçılar olup, bu nitelik kuskusuz bulundukları bölgenin coğrafyasından kaynaklanıyordu. Zira Paflikyanlar, dinleri ve uygarlıkları ayıran bir sinir üzerinde yer alıyorlardı. Akımin bu militan görünümü, toplumsal alanda da radikal bir ideoloji ile kokuttu. Yeryüzünde tüm tinsel yetkeyi reddettikleri için, dünyasal iktidar ve politik hakların varlık nedenini de inkar ediyorlardı. Böylece, dinsel düzeydeki eşitlikçiliğe, toplumsal düzeyde de bir eşitlikçi anarşizm eklenmekteydi. Paflikyanlara göre, tüm Kilise hiyerarşisi kötüdür, ayni biçimde tüm ayinler ve kutsal eşyalar da reddedilmelidir. Örgütlenmelerinde en önde gelen kişiler, tarikatın farklı yörelerdeki kurucularıdır. Bu kurucu azizler, genellikle adlarını Aziz Pavlus ´un görencilerinden alırlar ve onların yeniden dünyaya gelmiş ruhlarını taşıdıklarını ileri sürerler. Azizlerden sonra, bir konsil oluşturan "synechdemoi " (yoldaşlar) ile toplantılarda düzeni sağlayan "notarioi " gelir. Toplantılarını kiliselerde değil, "proseuchai "nde (dua evleri) yaparlar. Baskı altındayken inançlarını saklamanın ve hatta reddetmenin doğru olduğuna inanırlar. Bu nedenle, dışardan Kiliseye bağlı bir görünüm sunarken, gizlice Paflikyan inançlarını sürdürebilmişlerdir. Ülküleri, tüm irk ayrımlarını giderecek olan inananların tinsel birliğine ulaşmaktır. Düşmanları Paflikyanları sürekli ahlaksızlıkla suçlamışlardır. Hatta dua evlerinde bile ahlâksız davranışlarda bulundukları ileri sürülmüştür. Kendilerinin "Hıristiyan " adından başka bir adla çağırılmalarından hiç hoşlanmazlar. Harnack ´a göre Paflikyanlar, "Katolik ve Ortodoks Hıristiyanlığı reddeden, hiyerarşi karşıtı düalist Puritanlardır ". Gibbon ´dan beri Paflikyanlar, ilk ve saf Hıristiyanlığı sürdürmeye çalışan, düşmanları tarafından baskı ve ıstırap altında yasamak zorunda bıraktırılmış, İncil ´e bağlı iyi insanlar olarak kabul edilmektedirler. Conybeare, Paflikyanları Adopsiyonistler ´in devamı olarak nitelendirir. Adeney ise Paflikyanları "Protestanliktan önceki Protestanlar " olarak değerlendirir.