Antakya Süryani Kilisesi, ilk kurulduğu dönemlerde coğrafi konum itibarıyla Doğu Kilisesi ve Batı Kilisesi olarak iki kola ayrılmıştır. Pers Hükümdarlığı´nın sınırları içinde yaşayan Süryaniler Doğu Kilisesi´ni; Roma İmparatorluğu´nda yaşayanlar ise Batı Kilisesi´ni oluşturuyordu. Ancak bir birlik anlayışı içinde faaliyetlerini yürüten Kilise´nin içinde iki nedenden dolayı anlaşmazlıklar çıktı.

Bu nedenlerden birincisi, Bizans´ın Doğu halkları üzerindeki baskı uygulamaları ve kendi çıkarına yönelik olarak oynadığı politik oyunlardır. İkincisi ise, kendisi de Süryani kökenli olan İstanbul Patriği Nasturius´un genel kilise anlayışına ters düşen öğretisidir. Bu iki neden Kilise´nin ikiye bölünmesine yol açtı. Bu anlaşmazlıkta Nasturius´un görüşlerini benimseyen Süryaniler, tarihte "Nasturiler" ismiyle anılmaya başlandı.

1445 yılında Nasturilik´ten kopan ve çeşitli nedenlerden dolayı Papalığa bağlanan Kıbrıs Nasturi Metropoliti Timotheos ve onunla birlikte hareket eden kalabalık kitle, Papa IV. Evgin tarafından "Keldani" adıyla nitelenmiştir. Bu şekilde Nasturilik´ten kopup Katolik inancı benimseyenlerden oluşan bu kilise, "Keldani Kilisesi" olarak adlandırılmıştır. M.S. 451 yılında Süryaniler arasında bir başka bölünme daha ortaya çıkmıştır. Bu tarihte politik, mezhepsel ve yerel sürtüşmelerin artması nedeniyle toplanan Kadıköy Konsili, bu bölünmeye neden olmuştur.

Bizans İmparatoru Markian´ın yapabileceği baskı ve zulüm uygulamalarından korkup, atalarının iman ilkelerini önemsemeyen ve Kadıköy Konsil´inin bu doğrultuda aldığı kararları benimseyen Süryanilere "Malkoye Melkit" denilmiştir. Bu isim "Kralın Yandaşları" anlamına gelmektedir. Bu topluluk günümüzde Rum Ortodoks adıyla anılmaktadır.

Malkoye Melkit adı verilen bu topluluk içerisinde M.S. VII. Yüzyıl´da bir bölünme daha yaşanmıştır. Lübnan´daki Mor Marun Manastırı rahipleri Melkit Patriği Maksimus´un savunduğu dinsel teorik görüşle ters düştüler ve "Maronit Patrikliği" adı verilen bağımsız bir patriklik kurdular. Bu Patriklik 13.Yüzyıl´da Papalığa bağlandı. Diğer yandan Rum Ortodoks (Melkit) Kilisesi bireylerinden bir bölümü başka bir anlaşmazlık yüzünden Roma Papalık Kürsüsü´ne bağlandılar. Bu topluluk, 1724 yılında "Rum Katolik" ismiyle, kendilerine ait bir Patriklik Merkezi kurdu. Antakya Süryani Kilisesi, 18. Yüzyıl içerisinde bir bölünmeye daha sahne oldu.

Episkopos Mihael Carve´nin önderliğini yaptığı bir grup Süryani, Papalığa bağlandı ve "Süryani Katolik" ismi altında bir Patriklik Merkezi kurdu. Bu arada 19. asırda Protestan misyonerlerinin Süryani bireyler arasında yürüttüğü çalışmalar sonucunda bazı Süryanilerin Protestanlığı benimsediği de görülmüştür.